国立卫生研究院斥资 400 万美元，为 Echinobase 提供资金至 2028 年

Echinobase是一个基于网络的资源，提供与海星、海参、海胆和其他棘皮动物相关的基因组、表达和功能数据的访问，从美国国家卫生研究院获得了 400 万美元的资助，用于维护该资源直至 2028 年。

卡内基梅隆大学的Veronica Hinman和Charles Ettensohn，以及卡尔加里大学的 Peter Vize，在 2020 年创建了 Echinobase 的最新版本。通过 Echinobase，他们和合作者为研究人员提供了信息和社区，以促进进化和发育生物学领域的研究。

海星和人类以及其他脊椎动物在早期发育、基因组组织和基因内容方面存在一些相似之处。世界各地的研究人员都在使用该数据库，CMU 生物科学系主任兼弗雷德里克·A·施瓦茨杰出生命科学教授 Hinman 表示，这项工作是一项不可思议的资源，而物种模型生物数据库对科学研究至关重要。

在以下问答中，生物科学教授 Ettensohn 讨论了 Echinobase 的重要性和影响。

Echinobase 是如何首次创建的？

当 2006 年首次公布棘皮动物（Strongylocentrotus purpuratus）的基因组时，人们意识到它所包含的大量信息以及对研究界的巨大价值。这导致了 SpBase 的创建，它是一个数据库和网络接口，允许研究人员访问与基因组相关的信息。这项工作由加州理工学院的 Andy Cameron 和 Eric Davidson 率先开展。随着已组装的棘皮动物基因组的数量增加，加州理工学院的创建者变得不那么活跃，三位研究人员（CMU 的 Veronica Hinman 和我，以及卡尔加里大学的 Peter Vize）认识到，通过将其扩展到新物种、用新的信息类别对其进行增强，并将其与为相关生物体构建的类似知识库相结合，既可以满足需求也可以把握机会来增强知识库。于是，Echinobase 诞生了。

NIH 对 Echinobase 的资助如何帮助维持数据库的运行？

NIH 的资助将支持策展人和生物信息学家的工作，确保知识库为研究界提供全面且最新的信息。它还将支持数据库开发人员和程序员，他们负责维护和改进数据库及其用户界面的架构。最后，它还将通过维护服务器和基于云的存储来保持 Echinobase 对公众的可用性。

您认为 Echinobase 对基因研究有何贡献？

150 多年来，棘皮动物一直被用来研究发育和细胞生物学、发育基因组学和进化的基本方面，从而增进对我们自身人类生物学的了解。随着动物基因组和功能基因组的出现，现代棘皮动物研究几乎完全依赖于基于基因的信息。Echinobase 是此类信息的中心存储库，对研究界来说不可或缺。

您是否使用 Echinobase 来帮助您自己的研究？如果是，是如何帮助的？

我自己的研究团队研究动物发育背后的基因调控过程。例如，我们干扰特定基因的表达以分析它们在胚胎发育过程中的功能，并研究建立细胞身份的基因复杂网络的架构。我们所做的一切都依赖于了解棘皮动物基因组的组织和其组成基因。

最后，NewsSerow会进行一次反思，再次检查工具的相关性分类是否准确。反思模块是可选的，研究人员加入这一模块以减少误报的数量。

研究人员发现，NewsSerow的表现与其他需要大量训练数据的新闻摘要和分类模型相当。

“这正是我们想实现的。我们希望为NewsSerow构建的这一工作流程能用于其他资源匮乏的语言，”方说。“为新语言建立工具时遇到的一个难题是，领域专家需要为我们标注300、500或1000篇文章。但要求他们标注10篇并不难，这是可行的。”

研究人员正在与世界自然基金会印度分会合作，将该工具扩展到对印地语和其他语言的媒体监测，并扩展到社交媒体等其他来源。