陈-扎克伯格倡议给Unipd的研究提供资金

陈-扎克伯格倡议基金资助帕多瓦大学研究

09.07.2024

陈-扎克伯格倡议基金(CZI) 向帕多瓦大学统计科学系的 Davide Risso 教授和生物科学系的 Gabriele Sales 教授，以及美国纽约城市大学的合作者 Levi Waldron 授予了一项为期两年、价值 40 万美元的资助，作为科学领域不可或缺的开源软件项目的一部分。

这笔资金将支持通过持续集成、系统级依赖的用户友好型打包，以及为 Bioconductor GPU 编程提供基础软件包，来扩展 GPU 加速的 Bioconductor 软件包。

GPU 最初用于渲染高清视频，但现在很多已成为人工智能、机器学习和其他计算密集型任务的核心。研究人员将利用这笔资金开发和测试用于生物信息学的 GPU 加速软件包，改进 GPU 代码的持续集成，并创建用于管理系统级依赖的直观工具。

该项目共同研究员 Davide Risso 教授表示：“这笔资金将使数百名软件开发人员能够作为 Bioconductor 项目的一部分，利用 GPU 的强大功能进行生物医学研究。通过开发 GPU 编程的软件包，我们旨在加快计算机密集型分析的速度，特别是在单细胞基因组学等领域。”

该项目还将改进 Bioconductor 的构建系统，以确保 GPU 加速软件包在不同计算平台上的可靠性和可重复性。
Gabriele Sales 教授补充道：“二十多年来，Bioconductor 一直是生物信息学的基石。这笔资金将帮助我们为未来做好准备，并让生物医学研究人员能够以更便捷的方式使用 GPU 编程。”

该贡献将资助以下三个主要目标：
1. 扩展 Bioconductor 的持续集成基础设施，以测试 GPU 代码
2. 实施一个灵活的软件打包系统，该系统考虑到软件包通常依赖于需要正确安装和配置的外部工具
3. 开发 Bioconductor 中 GPU 编程的核心软件包

预计该倡议将显著提升 Bioconductor 在大规模管理生物医学数据方面的能力，惠及全球研究人员。

陈-扎克伯格倡议基金的主要工作领域包括科学、教育和正义与机会，后者专注于推动住房可负担性、刑事司法改革和移民改革。陈-扎克伯格倡议基金的使命是“为所有人建设一个更加包容、公正和健康的未来”，并“在健康、教育、科学研究和能源等领域发挥人类潜力并促进平等。”